Tháng 12-1946, Quân khu VI được thành lập trên cơ sở lực lượng quân sự của Đại đoàn 27. Từ đây các tổ chức Quân y của Đại đoàn 27 chuyển thành Quân y khu VI, trong đó có Quân y Trung đoàn 79. Bệnh xá Quân y Trung đoàn 79 có một bộ phận chuyển về Long Uyên thành Bệnh xá quân y khu bộ Khu VI. Một bộ phận chuyển lên đóng tại Củng Sơn, huyện Sơn Hòa thành Quân y viện Trung đoàn 79 do y tá Lê Văn Cử làm chủ nhiệm. Đến cuối năm 1948, Trung đoàn 79 đổi tên thành Trung đoàn 84, tách khỏi Khu VI trở thành trung đoàn chủ lực của Quân khu Tây Nguyên mới thành lập
Giai đoạn 1950-1952, bộ phận Dân y của tỉnh Phú Yên mở các lớp y tá quốc lập, đào tạo cán bộ y tế xã và xây dựng mạng lưới y tế xã. Sau một thời gian tất cả các xã trong tỉnh đều có trạm y tế xã. Riêng huyện Sơn Hòa do điều kiện phức tạp nên đến năm 1952 mới mở được các lớp đào tạo cán bộ y tế xã tại chỗ và mới có đủ cán bộ mạng lưới y tế cấp xã cho huyện Sơn Hòa. Để triển khai nhiệm vụ phục vụ tốt cho lực lượng dân công và y tế xã thôn, Ty Y tế tập hợp lực lượng và bố trí y tá Ngô Cam và y tá Trần Văn Anh về huyện Sơn Hòa.
Vào thời kỳ này, phong trào đồng khởi phát triển trên toàn tỉnh, để phục vụ cho chiến dịch ngành Y tế đã huy động cán bộ y tế có chuyên môn đi theo các đoàn dân công và bố trí thường trực tại các trạm, lán đơn sơ, cheo leo trên các sườn núi hoặc rừng rậm. Với mục đích hướng dẫn, vận động phòng bệnh và điều trị các bệnh thường gặp. Vào cuối năm 1960 tỉnh thành lập bệnh xá lấy tên E100 tại xã Phước Tân, huyện Miền Tây (nay là Sơn Hòa).
Do địa hình Phú Yên bị chia cắt bởi núi đèo và sông suối, bệnh nhân ở vùng nào thì chủ yếu được chữa trị ở vùng đó nên tổ chức y tế trong toàn tỉnh giai đoạn này phát triển rất nhanh, rất mạnh để kịp thời phục vụ nhiệm vụ cách mạng. Chính vì vậy mà tỉnh chủ trương cho thành lập nhiều trạm xá ở các huyện. Trạm xá huyện Sơn Hòa lúc này được đóng tại Trại Cháy xã Sơn Xuân. Năm 1962, bệnh xá liên huyện được thành lập và đóng ở thôn Hòa Thuận xã Sơn Định, Sơn Hòa do y tá Vũ Ngọc Anh phụ trách.
Vào giữa năm 1965, tỉnh chủ trương thành lập bệnh xá Tiền phương (trung tuyến) có nhiệm vụ tiếp nhận thương binh từ tuyến mặt trận đưa về, bệnh xá có quy mô 100 giường xây dựng ở Tổng Đạt, xã Sơn Long, huyện Sơn Hòa. Tuy nhiên khi xây dựng xong thì bị bại lộ nên kịp thời chuyển về truông Bà Diên, trạm xá thời điểm đầu do y sĩ Huỳnh Xuân Hiển phụ trách.
Thực hiện chủ trương của Tỉnh ủy, từ tháng 4/1961 đến đầu năm 1962, các phòng, ban y tế huyện được thành lập, sau đó trạm xá huyện ra đời. Các cơ sở y tế cách mạng không chỉ hoạt động ở vùng giải phóng mà còn ở vùng tranh chấp, vùng địch kiểm soát.
Trong công cuộc đấu tranh giữa ta và địch, vấn đề giữ gìn bí mật là rất quan trọng cho sự sống còn và phát triển của cách mạng. Xuất phát từ việc phải giữ bí mật phụ vụ cho hoạt động, công tác và giao dịch, Đảng ta đã chủ trương các địa phương phải có mật danh. Trạm xá Y14 – mật danh của trạm xá huyện Sơn Hòa được thành lập năm 1964 tiền thân của Trung tâm y tế huyện Sơn Hòa ngày nay đóng tại Trại Cháy, xã Sơn Xuân.
Khi mới thành lập Trạm xá Y14 do y tá Huỳnh Thị Nguyệt Thanh và y tá Lê Xuân Diệp phụ trách. Cuối năm 1965 Y tá Lê Xuân Diệp được cử đi học và y sĩ Huỳnh Xuân Hiển được Ban Dân y tỉnh điều về phụ trách. Năm 1970, tăng cường YS Phạm Thị Tấn, YS Nguyễn Thị Đặng, cuối năm 1970 đầu năm 1971 tăng cường BS Đậu Văn Bính. Công tác ở trạm xá vào các thời kỳ có đồng chí Nguyễn Văn Tòng, Tô Nhiên, Nguyễn Văn Hưởng, Y sĩ Lê Mạnh Hùng, Nguyễn Thị Xuân Sang, y tá Huỳnh Thị Thanh… Do vị trí của trạm xá nằm ở trung tâm vùng giải phóng nên bị địch càn quét đánh phá liên tục, phải thường xuyên di chuyển địa điểm. Số thương bệnh binh thu dung tại trạm xá thường vượt quá số giường, có đợt thương binh phải căng nilon, buộc võng để nằm.